汤若望获得清朝统治者极大的尊崇，在中国受到如此礼遇的传教士独此一人。多尔衮极尊重他的意见，顺治的生母也因为汤若望治好了自己侄女即顺治皇帝未来皇后的病而感激之至。少年顺治皇帝听了太后和朝中大臣对这位西洋教士的褒扬，自然产生信赖感，更由于顺治帝极强的求知欲，屡屡召汤若望进宫讲解天文学等自然科学知识，两人之间建立起超越寻常君臣之间的关系。顺治帝称汤若望为“玛法”即满语爷爷，顺治八年一年之内，汤若望连升三次，从通议大夫、太仆寺卿到太常寺卿，官级从五品升到正三品。顺治十年(，赐给汤若望通微教师的尊号，地位相当于国师。顺治十五年，汤若望获赠光禄大夫的荣誉头衔，官位升至正一品。不仅如此，顺治帝还经常御驾汤若望府邸，长时间畅谈。这种做法被认为尊卑不分、有违礼教，激起了朝中大臣的不满。虽然如此，汤若望仍借助与顺治皇帝的亲近关系，得到了崇高的地位和行动的自由。
汤若望早在刚担任钦天监监正一职时，便在北京宣武门内建立了一座欧式风格的雄伟教堂，参观的人员络绎不绝。顺治十四年，顺治皇帝御笔亲书“通微佳境”，制成匾额悬挂于宣武门的天主教堂，汤若望还把顺治帝御制碑文刻成石碑竖立在教堂前面。这一举动等于默认了汤若望有自由传教的权力。事实上，汤若望也经常利用接近皇帝的机会向皇帝灌输基督教义，顺治皇帝也阅读了有关书籍。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众竟达上万人。
顺治十八年，才二十四岁的皇帝因病去世，他的继承人是年仅八岁的小皇帝康熙，宫内由祖母皇太后照料，朝中则由四位顺命大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜联合执政，实权人物则只有鳌拜。随着顺治皇帝的去世，汤若望的地位每况愈下。首先是顺治末年，一个略有小名的文人杨光先写作《摘谬论》和《辟邪论》，投疏到礼部，分别攻击西洋新法和基督教，在前书中，杨光先认为汤若望别有用心地用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举，在后书中以中国传统伦理观念为参照系全面批驳基督教义。由于顺治帝尚在世，礼部官员拒绝了杨光先的弹劾申请。
传教士一方于康熙三年由利类思创作《天学传概》，介绍天主教的产生及在中国的传播历史，反驳杨光先的指控。文中过分夸大基督教义的神圣，激化了矛盾。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代其履行公务。杨光先代表着反西方传教士的一批人，包括儒士、回教徒等人，他们积极支持杨光先，使这一案件越来越复杂。
康熙三年秋到次年春天，朝廷公开审理此案，杨光先指控汤若望等人犯有三条大罪：阴谋叛逆、宣扬邪教和传布错误的天算学。长期审判的结果是，汤若望和钦天监七位官员被判处死刑，各地传教土集中到北京接受审讯，拆毁全国教堂。但在审判的最后关头，北京发生强烈地震，顺治帝的母亲孝庄太后直接干预此案，汤若望和仆人才被释放，五名中国官员仍被处死，不久汤若望病故，葬于利玛窦墓旁，集中到北京的二十五名传教士被驱逐出境。
杨光先就任钦天监监正。走马上任后，他遇到历法推算的技术问题，杨光先恢复大统历和回回历，结果当然错误百出。康熙年事稍长，不满于鳌拜的专权，从钦天监人手追查。康熙八年春，康熙仿效乃父顺治命汤若望的助手南怀仁和杨光先实地测试，以辨优劣。经过几次考查，杨光先败下阵来，被革职，病死在回安徽老家的途中。
康熙皇帝恢复了汤若望的尊号，肯定了他的贡献。南怀仁接任钦天监监正，经过这一重大曲折，中国天文学重新获得了发展的机遇，以后历任钦天监主要官员均为西方传教士。传教士在天文学上取得胜利，传教的阻力却越来越大，清政府对传教活动的控制康熙中后期以后越来越紧，最终进入全面禁教阶段。
汤若望和顺治帝感情如此的亲厚，为什么最后会落得如此下场？一朝天子一朝臣？
康熙能够登上大统，正是因为这位西洋老人的一句话，才促使顺治立康熙为继承者。
有关谁继承皇位的决定，内臣奉孝庄太后意思询问汤公，皇二子福全和皇三子玄烨哪一个继位较合适。汤若望对皇三子比较中意，因为他得过天花。这位玄烨，就是后来的清圣祖康熙。
从这个角度来说，汤若望对康熙是有恩的，但是究竟是什么原因，促使康熙对汤若望下达凌迟的命令呢？如果不是孝庄太后敦促，康熙八年，汤若望的冤案还不能平反。
其实汤若望的失宠，以及最后的凌迟处死，和杨光先没有太大的关系，这件事只是一个由头，或者明面上的解释。真正的原因却和风水有关系。
清朝的皇帝十分注重陵寝风水的选择。他们认为，一处好的陵寝风水，能给国家带来好运，能使子孙繁衍兴旺。所以，没有好的风水，他们宁可不建陵寝。道光皇帝这样说过：“总以地臻全美为要，不以宫殿壮丽以侈观瞻。”讲的其实就是这个道理。
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