人类舰队不得不灰溜溜地离开了这片星域，而随后获知这个消息的联盟政府，却一片哗然。他们根本想不到，在他们不知不觉间，联盟内竟然已经有这样的一种生物，占领了联盟的大片无人星域，就活在他们眼皮子底下，不断发展壮大。
有人对此提出了不同意见，认为他们不该就此罢手。他们可以对那些即将濒临的生命生物建立保护区，保护它们的种族的延续。可是人类绝对不会允许在自己的领地范围内，出现一支能够威胁他们的种族。大多数人经历过与萨利蒙之间的战争，虽然现在这个敌人看起来如此强大，可他们依旧认为自己完全能够获得胜利，一切只是时间问题。
而乔麦吉当然也乐见其成。他以将发动对这种生物全面战争的理由，想要收回查普曼手中的军权。并且掌控了边境以及首都星区域内所有他能够抓在手里的军队。随后便大军对无人星域压境，携带了大量暗物质武器。
可谁知正当他们信心满满地将要对这种生物展开进攻之时，军中却出现了哗变。第一、三、四军团携带了大部分暗物质武器，从军中逃营了，顺便带走了大量战舰。
而失去了大部分暗物质导弹的联盟军，原本呈现对敌人包围姿态的他们，此时看起来却像是一群在强大捕食者面前瑟瑟发抖的小羔羊。即便头上顶着尖锐的羊角，可也依旧不是狼群的对手。于是这一次声势浩大的清理进攻，又再次灰溜溜地偃旗息鼓了。
而更糟糕的是，就在联盟内部由于查普曼元帅的反叛而一团乱的时候。由于两支第5军团驻军离开驻守地，终于让一直虎视眈眈的机械人抓住突破口。开始发起了他们的侵略战争。
机械人的军队却以科莫德驻军所在地为突破口，无数机器人大军在此处撕开了人类边防，此后长驱直入，直往首都星攻去。在此期间，机械人的军队几乎没有遇到过太过激烈的反抗，很快占领了大片人类星域。
幸而叛逃的查普曼元帅带着叛军，与入侵南方星域的机械人军队展开了大战，拖住了机械人继续入侵的步伐。
而由于叛军的牵制，驻守在首都星域的第二军团，也终于能喘口气，在节节败退之后，拿出了当时与萨利蒙对抗的坚定毅力，最终守住了首都星及后方区域。
可是在首都星到科莫德的那一大片星域内，所有星球却全部沦陷。
在那些被机械人攻占的星球上，人们人人心惶惶。这些机械人不知道发了什么疯，将所有的人类全部抓起来，随后便从脑后植入芯片。很快，那一颗颗星球上的人类，全都不再挣扎反抗。所有人像是行尸走肉般，开始像机械人一样服从主脑的命令。
他们撤掉了原本的一些基础社会机构，如学校、医院等。在他们看来人类不需要学习，只需要接受命令，并且在脑后接入口直接加载所需工作的执行程序。至于医院——报废的机械人有资格进行维修，至于人类，那只是一次性的使用工具而已。
他们有些被安排继续原本的工作，有些用于填补机械人内部工作空缺。另有一些却成为机械人的科研材料，还有一部分人甚至被圈禁起来，用于大量繁殖。
这些机械人用这样的方式彻底占领了这些星球，将人类变成了他们的子民与工具。
这一骇人听闻的惨状被一小部分逃脱的人类，传回未被攻占的星域之后，幸存星域的人们掀起了一波参军浪潮，誓要将这些星球重新夺回。可是这对于此时拼尽全力才能暂缓机械人进攻步伐的人类军来说，又谈何容易。
反而是原本一部分被不少无人星包围的某些住人星球，由于被围困在了异星生物的领地范围内，而异星生物们看起来似乎又对他们毫无兴趣。却使得这些星球以及上面的人类，反而完好地存活了下来。
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